2004 年的 《Metal Gear Solid 3: Snake Eater》 被不少玩家視為系列顛峰，但幕後故事才真的是比劇情更刺激。小島秀夫本來就以「完美主義」聞名，一旦腦洞大開就停不下來，結果就是開發過程亂到一個極致，很多天馬行空的點子最後不是被硬刪，就是被壓縮到連他自己都不滿意。如今隨著 《Metal Gear Solid Δ: Snake Eater》 的重製登場，回頭看當年的開發過程，才發現玩家拿到的其實只是小島腦內混亂藍圖的一部分。
想上 PS3，結果等不及
原本小島是打算讓 《Metal Gear Solid 3: Snake Eater》登上 PS3，但新主機遲遲不出，他只好硬著頭皮繼續用 PS2。問題是 PS2 光碟容量太小，他被迫砍掉一堆內容。像是原本還打算塞進一個「會傷害玩家的電台」，甚至要錄音室全員上陣唱歌。最後當然沒戲，否則今天可能會變成網路迷因。
叢林設定：從天氣到 CQC
為了和前作區隔，他決定直接把場景搬到叢林，還想做出動態天氣系統。可惜最後只能固定區域天氣，沒能實現「下雨打仗」的夢想。為了寫實，開發團隊甚至去學叢林生存跟 CQC 近身格鬥。換句話說，遊戲裡 Snake 的求生技能，部分真的被團隊親身體驗過。
監獄夢境：原本應該是《Gradius》
大家熟知的「Guy Savage」夢境小遊戲，本來小島想放的是 《Gradius》。後來才改成這個 hack-and-slash 惡搞小品，甚至被人懷疑是 《Zone of the Enders 3》 的早期原型。小島腦袋一轉，整個開發團隊就得跟著轉方向，這就是他「隨興藝術家」的日常。
拷問戲碼：刪掉太多
系列的標誌性場景之一：拷問。本來小島想讓玩家能夠在拷問中「回話」，甚至參與互動，但最後只剩下純粹的過場動畫。雖然縮水，但依舊是經典，因為就是這一幕，Snake 才失去眼睛、戴上了 Big Boss 經典眼罩。
The End：本來要玩兩星期
狙擊戰是小島的浪漫。他受到小說啟發，打算把和 The End 的戰鬥做成一場長達「兩星期」的持久戰。但團隊測試時一面倒嫌無聊，他只好縮短。不過他沒死心，最後把夢想搬到《Metal Gear Solid V: The Phantom Pain》，用 Quiet 那場戰役圓了心願。
被砍掉的角色與設定
美術總監新川洋司的手稿裡，還有一堆從沒亮相的角色。像是女性特工「Snake Eyes」，還有一個長翅膀的「翼龍人 No.8」。甚至連 The Boss 原本設計過「半裸+蛇形刺青」版本。這些要是真做進去，今天 ESRB 評級可能直接爆表。
EyeToy 與偽裝系統
小島還想把 PS2 EyeToy 攝影機塞進玩法，原計畫是讓玩家拍照生成偽裝圖樣。最後因為技術限制被砍，但這個點子後來跑去 3DS 版本，用掌機的相機實現。除此之外，他還想讓玩家手動在 Snake 臉上塗迷彩顏料，最後也是失敗收場。
